閣樓上的吾主博物館最有趣的部份，就是位於大宅最頂三層的秘密教堂，正正就因為這座秘密教堂，博物館才起了「閣樓上的吾主」這個奇怪名字。
教堂的欄杆和柱子都是粉紅色，因為顏料中混和了大量牛血。
祭壇旁邊的柱子看似大理石，但係其實是以木頭雕刻而成，可見當時木匠的技術是如何精巧。
荷蘭從前曾是西班牙的領土，西班牙國王菲臘二世（Felipe II，1527年至1598年）是個狂熱的天主教徒，在位期間曾經迫害荷蘭的新教徒，令他們心生怨恨。
1578年，荷蘭將喀爾文教派定為官方宗教，其他教派包括天主教和路德教派均被禁止公開禮拜，令天主教堂只能以地下方式秘密運作，這裏就是當時其中一間地下教堂。
懺悔室是天主教堂其中一個重要部份，仍然保持着18世紀時的原貌。對天主教徒來說，懺悔是七件聖事之一。
禮拜堂位於聖壇後面，中央設置了一個1690年雕成的聖母木像。瑪利亞抱著耶穌站在新月上，壓碎代表原罪的蛇，以示聖母克服夏娃的墮落。
每年聖誕夜，這裏仍然會舉行兩場彌撒，回復其教堂功能，並非只是博物館那麼簡單。
教堂下是神父的生活區域，同教堂一樣都是非常隱蔽。
荷蘭的宗教禁令直到1798年才完結，聖尼古拉大教堂（Basiliek van de Heilige Nicolaas）在1886年落成後，這裏才結束其歷史使命。
地下室是教堂的寳物室，陳列著一些從前用過的宗教器具。
阿姆斯特丹博物館眾多，如果閣下喜歡參觀博物館，購買一張荷蘭博物館卡會比較化算，不過外國遊客只能申請臨時博物館卡，總共可以使用五次，但即使如此仍然被單次購票化算。
博物館卡可以在網上購買或在博物館即場購買，有關荷蘭博物館卡的詳情，可以瀏覽以下網站。連結
